La station d’épuration de la commune de Gezier et Fontenelay a été construite en 1999. Elle reçoit les eaux usées du village de Gezier, le hameau de Fontenelay étant entièrement en assainissement non collectif.
Les eaux usées de la commune arrivent gravitairement dans une grosse fosse qui prétraite toutes les eaux. Les eaux en sortie de fosse transitent par un poste de relevage pour être envoyées sur 2 lits de filtre à sable. Les eaux traitées sont alors rejetées dans une faille de calcaire jurassique.
Le système épuratoire est entretenu régulièrement. Les fosses sont vidangées environ une fois par an par une société spécialisée en assainissement. Les drains du filtre à sable son également entretenus en passant un furet haute pression pour garantir une bonne distribution et récupération des eaux.